Tàu SE3 xuất phát từ ga Hà Nội vào lúc 19h20 ngày 24/5, tàu chạy đến Km1+550 thuộc khu gian Hà Nội - Giáp Bát vào lúc 19h23 đã tông vào người đàn ông chưa rõ tên tuổi, băng qua đường sắt tại lối đi tự mở.
Ngay sau khi xảy ra vụ va chạm, tổ tàu đã cho dừng phương tiện để kiểm tra và phát hiện 1 nạn nhân cùng phương tiện nằm trong lòng đường sắt. Lúc này, chiếc xe máy của nạn nhân đã bị hư hỏng hoàn toàn, nằm bẹp gí dưới gầm tàu hỏa.
Để đoàn tàu tiếp tục khởi hành theo lộ trình, tổ tàu đã cử bảo vệ và nhân viên ở lại tiếp tục phối hợp với cơ quan chức năng giải quyết vụ việc theo quy định và tàu SE3 khởi hành lại vào lúc 19h47 cùng ngày.
Được biết, khu vực từ ga Hà Nội đến Văn Điển là khu vực thường xuyên xảy ra các vụ tai nạn do tàu va vào người dân tự ý băng qua đường sắt bằng những lối đi tự mở nguy hiểm.